CoViD-19 : infos générales sur le virus et la pandémie

Publié le Mercredi, 15 Janvier 2020, dans la catégorie Actualités

Mis à jour le 15 décembre 2020.

 

A l'annonce d'une épidémie provoquée par un nouveau variant de coronavirus, le SNJMG a ouvert le 15 janvier 2020 sur cette page Internet un billet de veille informative et de recommandations pratiques en cas de consultation d'un patient infecté de retour de Chine.

Le 28 février 2020, devant le développement de la maladie, le SNJMG a décidé de ne garder sur cette page que les informations générales sur le virus SARS-CoV-2 et le développement planétaire de la maladie CoViD-19 jusqu'au printemps 2020 ; toutes les informations pratiques pour (jeunes) médecins généralistes bénéficiant à partir de cette époque de publications spécifiques. Ainsi, avec l'évolution pandémique, différentes pages d'infos pratiques ont été publiées dont les CAT pour médecins généralistes en stade 1 et 2 (28 février 2020), en stade 3 - confinement (21 mars 202), en stade 3 - post confinement - phase 1 (10 mai 2020) et en stade 3 - post confinement - phase 2 et reconfinement (1er septembre 2020).

De plus, le SNJMG a publié le 30 mars 2020 un Dossier CoViD-19, sous forme de mini site, rassemblant tous les billets d'informations en rapport avec le SARS CoV 2 (NB : ce dossier a été revu et complété avec la participation de la Revue Prescrire le 15 décembre 2020).

 

Sommaire de ce billet d'informations générales :

Epidémies/Pandémies à nouveaux coronavirus

Présentation clinique et diagnostic

Chronologie de la pandémie

Documentation internationale sur la maladie CoViD-19

Reportages video sur l'impact de la pandémie à travers le monde pendant le premier semestre 2020

 

Epidémies/Pandémies à nouveaux coronavirus :

 

Après le SARS en 2002/2003 et le MERS en 2012/2015, voici une autre épidémie dûe à un nouveau coronavirus (dénommée CoViD-19 le 11 février 2020) !

Rappel : Les coronavirus sont des  virus à ARN enveloppé appartenant à la famille des Coronaviridae, genre betacoronavirus. Chez l'homme, 4 espèces de coronavirus étaient habituellement connues (229E, NL63, OC43, et HKU1) : elles circulent habituellement chez l'homme de façon saisonnière, mais elles sont essentiellement responsables de rhumes (10 à 15% des cas dans le monde) et de pathologies respiratoires bénignes.

Etudes virologiques et recherche des origines du SARS CoV 2 :

Etudes virologiques, pistes thérapeutiques et évolution du SARS CoV 2 :

NB : Une superbe infographie dynamique (site Nextstrain) permet de suivre quasiment en temps réel les évolutions du genome du SARS-CoV-2 au cours de sa propagation planétaire.

 

Le taux de mortalité du nouveau virus fluctue en moyenne autour de 1%, supérieur à celui d'une grippe saisonnière (entre 0,1% et 0,3%) mais loin des 9,6 % du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-1), qui a tué 774 personnes en 2002-2003, et très loin des plus de 30% du coronavirus du Mers (selon le Journal of Medical Virology).

Ce nouveau virus (SARS-CoV-2) est en revanche plus contagieux que ce que les premières données indiquaient début janvier. La contagiosité du virus (ou taux de reproduction de base - R0) est estimée en moyenne entre 2,2 et 2,68 (NB : ce taux est variable en fonction de facteurs spatio temporels), ce qui signifie qu’en moyenne, chaque personne malade va infecter entre 2.2 et 2.68 nouvelles personnes. Pour comparaison, le SARS-CoV-1 avait une contagiosité estimée entre 2 et 5 (NB : la grippe est à 1,3, la varicelle est à 8,5 et la rougeole à 9). Mais surtout, ce qui fait la différence entre les deux SARS-CoV, c'est que le 1 ne donnait que des formes cliniques sévères (et donc repérables) et que les patients infectés n'étaient contagieux que 3 jours après l'apparition des signes cliniques (laissant donc le temps de mettre en place des mesures d'isolement), ce qui n'est pas du tout le cas pour le 2 (voir ci après).

La période d’incubation pour le SARS-CoV-2, c’est-à-dire le délai entre l’infection et l’apparition des symptômes, n’est pas précisément connue mais varierait de 2 à 14 jours avec une durée moyenne de 5.2 jours et un 95e percentile à 12.5 jours (NB : Selon une étude chinoise sur les mille premiers malades hospitalisés à Wuhan, la durée d’incubation se situerait entre 0 et 24 jours avec une médiane de 3 jours et selon une étude réalisée sur 181 cas d'infection confirmée par le SRAS-CoV-2 détectés à l'extérieur de la province du Hubei avant le 24 février 2020, elle serait de 4 à 4,9 jours, semblable à celle du SRAS : 5 jours). Le  temps de doublement de l'épidémie serait de 6,4 à 7,5 jours (Sources : ProMED-Mail, ECDC, CDC, OMS).

La période de contagiosité n'est pas encore bien définie et il est possible qu'une personne puisse être contagieuse au moins 24h avant l'apparition des symptômes.

 

Présentation clinique et diagnostic

 

Présentation clinique :

La symptomatologie clinique est variable, avec la survenue de formes non graves (comme la présence de conjonctivites, d'infections des voies aériennes supérieures ou de syndrome pseudo-grippal avec céphalées, myalgies, asthénie et parfois diarrhées) ou d'infections respiratoires basses pauci symptomatiques (fièvre, toux, absence de dyspnée mais présence d'images compatibles avec une pneumonie radiologique) voire des formes pulmonaires graves : pneumonie hypoxémiante, SDRA.

Selon l'étude publiée dans le JAMA du 24 février 2020, 81% des formes cliniques modérées, 14% sévères (dyspnée, fréquence respiratoire ≥30/mn, SaO2≤ 93%, PiO2 <300, et/ou infiltrat pulmonaire > 50% en 24-48h), et 5% critiques (SDRA, choc septique, et/ou défaillance MV)

Les observations décrivent ainsi deux grands types de formes cliniques de l’infection à SARS-CoV-2 :

• des formes asymptomatiques, pauci-symptomatiques et des pneumonies sans signe de gravité.

• des formes graves, d’emblée ou secondairement : les aggravations observées à la fin de la première ou pendant la deuxième semaine sont décrites comme d’évolution très rapide vers des syndromes de détresse respiratoire aiguë (SDRA) et des tableaux nécessitant une prise en charge en réanimation.

NB : D’après une autre étude publiée dans le JAMA Internal Medicine, le risque de développer un SDRA chez les malades infectés par le SARS-CoV-2 dépendrait de leur capacité à développer une activation adaptée du système immunitaire. Or, un âge avancé est associé à la fois au développement du SDRA et au décès, probablement en raison de réponses immunitaires incapable d’éliminer le virus. Cette insuffisance immunitaire adaptative conduirait à un relargage massif de protéines de recrutement des cellules immunitaires, les « cytokines ». C’est cet « orage cytokinique » qui conduirait au SDRA, à la défaillance des organes cibles et à une coagulation intravasculaire disséminée, puis au décès.

 

Diagnostic :

* Test RT PCR

Technique de prélèvement en théorie :

Technique de prélèvement en pratique :

Méthode d'analyse :

NB sur la valeur des tests virologiques (PCR et antigénique) et serologiques :

* Tests serologiques :

Immunologie :

Indications :

* Scanner thoracique

Résultat typique : images en verre dépoli, bilatérales, périphériques

 

 

Documentation et références internationales sur la maladie CoViD-19 (en accès libre et gratuit)

 

Dossier de l'OMS (ONU)

Dossier de ECDC (Union Européenne)

Documentation du BMJ (UK)

Documentation de la revue Stat News (USA)

 

Chronologie de la pandémie

 

Pour revivre la chronologie de la pandémie, vous pouvez :

- consulter notre frise chronologique

- suivre notre fil d'infos twitter (ça prend beaucoup plus de temps !)

 

Vidéos sur l'impact mondial de la pandémie pendant le premier semestre 2020